环境工程专业自2005年开始本科招生，专业始创于1999年环境治理工程。2007年联合培养研究生，现为校级重点建设专业。

专业共有专任教师29人，其中教授6人、副教授10人，具有博士学位教师28人，联合培养兼职硕士生导师6人，浙江省“新世纪151人才工程”第三层次培养对象1人、浙江省高校领军人才培养计划1人，嘉兴市杰出人才培养人员2人，嘉兴学院“百青”培养人才3人。本专业教师年龄层次合理，多人屡次荣获学校学院“事业家庭兼顾型先进个人”、“就业先进个人”“优秀班主任”、“教学优秀奖”、“青年教师教学设计大赛一等奖”等荣誉称号。

专业旨在具备扎实的环境工程基础理论知识和解决复杂环境工程问题的能力，具有德智体美劳全面发展的专业应用型工程技术人才。现有专业实验室1200平方米，设有绿色生态与低碳能源技术研究中心，仪器设备总值约2000万元。拥有多源高通量复合材料基因组制备系统、电感耦合等离子体质谱仪、气相色谱仪、原位红外光谱仪、藻类培养与在线监测系统等专业仪器设备。专业建立了浙江省嘉兴生态环境监测中心、浙江双益环保科技发展有限公司、浙江嘉兴环发环境科学技术有限公司、嘉兴水务集团、中科环境科技研究院等行业知名企业在内的校外实习基地，为实践教学提供了良好的条件保障。

近五年，学生主持国家级创新创业项目3项，主持浙江省新苗人才项目5项，主持校级重点SRT项目30项。参加浙江省大学生生命学科竞赛、浙江省大学生环境生态科技创新大赛、中国可再生能源学会大学生科技作品竞赛等各类竞赛获奖22项；学生公开发表学术论文27篇。近三年考研录取率达30%以上，尤其是2022届学生考研录率高达46.7%。